New York City ist der Ort, an dem Deus Ex beginnt. Der Spieler besucht mit JC Denton mehrere Orte dieser Stadt.
Liberty Island[]
Auf Liberty Island beginnt JC Dentons erste Mission. Es beherbergt das Hauptquartier der UNATCO und die Ruinen der zerstörten Freiheitsstatue.
Battery Park[]
Der Battery Park liegt im Süden von Manhattan. Über ein Tunnelsytem gelangt JC Denton nach Hell's Kitchen.
Hell's Kitchen[]
In Hell's Kitchen befindet sich das 'Ton Hotel sowie ein geheimer Stützpunkt von Majestic-12.
LaGuardia Airport[]
Dieser Flughafen liegt auf Long Island und ist im Besitzt von Juan Lebedev, einem NSF-Sympathisant. Denton wird hierhin geschickt um die letzten Ampullen mit Ambrosia zu beschlagnahmen und Lebedev zu töten.