Deus Ex ist der erste Teil einer Spieletrilogie im Cyberpunk-Stil. Es ist das erste Spiel einer Trilogie, wurde von Ion Storm entwickelt und von Eidos im Jahr 2000 veröffentlicht. Es verbindet Elemente eines Action RPG mit dem Genre des Ego-Shooters.
Handlung
Die Handlung des Spieles ist im Jahr 2052 angesiedelt. Der Spieler übernimmt die Rolle von JC Denton, ein Agent von UNATCO. Ein tödlicher Virus breitet sich aus und das einzige bekannte Gegenmittel, das Ambrosia, wird von der NSF aus dem Hauptquatier der UNATCO auf Liberty Island entwendet. Denton wird von diesem Vorfall berichtet und ihm wird aufgetragen den Leiter der NSF, Leo Gold, zu fassen, der sich in der Freiheitsstatue verschanzt hat. Als Denton Gold erreicht ergiebt dieser sich sofort und berichtet während einer Befragung, dass das Ambrosia mit einem Boot nach Battery Park gebracht wurde. Weitere Truppen der UNATCO erreichen die Insel und führen Gold ab.
JCs nächster Auftrag ist es nun zusammen mit der Agentin Anna Navarre die Suche nach dem Ambrosia fortzusetzen. Sie vermuten, dass das Gegenmittel sich in der Nähe des Castle Clinton National Monument befindet. Doch während des Einsatzes der beiden Agenten werden sie wieder zum Hauptquatier von UNATCO zurückeflogen. JC trifft auf den Director Joseph Manderley, der ein Gespräch mit Walton Simons, Director von FEMA, führt. Nachdem Simmons fort geht berichtet Manderley Denton von einem Flugzeug der NSF, das noch mehr Ambrosia einführen soll. Es soll in einem privatem Terminal des LaGuardia Airports versteckt sein.
Das Flugzeug kann von Denton geortet werten, wo sein Bruder Paul Denton bereits auf ihn wartet. Dieser gesteht ihm, dass er mit der NSF zusammengearbeitet hat. Zudem berichtet er, dass das Virus von Menschen geschaffen wurde. Außerdem kontrolliert das UNATCO die Verteilung des Ambrosia und bevorzugt dabei eine geheime Gruppe von Auserwählten. JC soll sich für weitere Informationen zu Lebedev begeben. Agent Navarre stößt zu Denton und befiehlt ihn Lebedev zu töten. Der Spieler hat nun die Wahl entweder Lebedev zu töten oder ihn am Leben zu lassen.
Denton gelangt wieder in den Besitz des Ambrosia und kehrt zurück zum Hauptquatier der UNATCO. Dort erfährt er, dass er und Paul mit einem „Notfallschalter“ ausgestattet wurden, die sie innerhalb von 24 Stunden töten und Pauls aktiviert wurde. JC soll sich nach Hong Kong begeben, um Tracer Tong, einen von Pauls Kontakten, zu eliminieren. Doch JC wird von Paul zu seinem Apartment gebracht, wo er ihm die Gründe seines Überlaufens erläutert und JC um Hilfe bittet. Simons bemerkt auch JCs Abtrünnigkeit, aktiviert auch seinen tödlichen Notfallschalter und schickt mehrere Truppen, um ihn gefangen zu nehmen.
Den UNATCO-Einheiten gelingt die Festnahme und JC erwacht in einer Gefängniszelle, die in den unteren Ebenen des UNETCO-Hauptquatieres liegen. Eine mysteriöse Stimme, die sich Daedalus nennt, kontaktiert ihn und berichtet, dass dieser Ort unter der Kontrolle einer geheimen Organisation namens Majestic-12 steht. Mit dessen Hilfe gelingt es den abtrünnigen Agenten zu entkommen, wobei er jedoch Agentin Navarre tötet. JC flieht mit einem Helikopter nach Hong Kong.
Auf der Suche nach Tracer Tong trifft JC Gordon Quick, der ihn zu Tong führt. Diesem gelingt es JCs Todesschalter zu deaktivieren. Er erklärt ihm, dass der Virus von VersaLife produziert wird, worauf JC sich zu den Laboren begiebt, die produzierenden Maschinen zerstört und Proben des Virus zur Analyse entwendet.
Die Analyse ergab, dass der Virus zu Teils von den Illuminati hergestellt wurde. JC reist nach New York, wo er Stanton Dowd, ein Mitglied der Illuminati, trifft. Dieser gibt ihm mehr Informationen über den Virus, Majestic-12 und dessen Leiter, Bob Page. Von diesem erfährt er auch, dass der Leiter der Illuminati ein Mann namens Morgan Everett ist.
JC begiebt sich nach Paris, um mit Everett in Kontakt zu treten. Dieser schickt ihn wiederum zur Vandenberg Air Force Base, wo er Mitglieder von X-51, eine Gruppe von Wissenschaftlern und ehemaligen Majestic-12 Mitgliedern. Diesen hilft er bei der Erforschung eines eigenen Gegemittels gegen das Virus.
Zuletzt begiebt sich JC nach Area 51. Dort wird er von Tong, Everett und Helios, ein von Daedalus erschaffenes Kommunikationsnetzwerk und künstliche Intelligenz, kontaktiert und um Hilfe gebeten. Jeder von ihnen verfolgt eigene Ziele: der Spieler kann nun die ganze Anlage in die Luft jagen, den Leiter von Majestic-12 töten und so den Illuminaten größere Macht verschaffen oder sich mit Helios verbinden und so die Herrschaft über die ganze Welt übernehmen.